Niemiecki obóz koncentracyjny na Majdanku był miejscem masowej eksterminacji. Przyczyną wysokiej śmiertelności w obozie oprócz całokształtu warunków bytowych, pracy oraz chorób były bezpośrednie formy uśmiercania. Należały do nich m.in. topienie w dołach kloacznych, wieszanie, bicie na śmierć czy zastrzyki fenolu w serce.

Najwięcej osób straciło życie w wyniku rozstrzeliwań oraz w komorach gazowych. Egzekucje odbywały się przez cały okres funkcjonowania obozu. Największa z nich miała miejsce 3 listopada 1943 r., kiedy w ciągu jednego dnia wymordowano ok. 18 000 Żydów z Majdanka oraz innych obozów na terenie Lublina. Od jesieni 1943 r. na terenie KL Lublin w ten sam sposób mordowano Polaków z więzienia na Zamku w Lublinie. Zdarzało się również, że esesmani strzelali do więźniów dla zabawy.

Od jesieni 1942 r. do początku września 1943 r. eksterminację więźniów, głównie Żydów, przeprowadzano w komorach gazowych przy użyciu tlenku węgla i cyklonu B. Żydzi byli poddawani wielokrotnym selekcjom: nie tylko od razu po przybyciu na Majdanek, ale także później, po zarejestrowaniu w obozie. O zachowaniu życia decydował dobry stan zdrowia i wygląd.

Więźniów w ostatnim stadium wycieńczenia organizmu i bez szans na ozdrowienie kierowano do specjalnych baraków nazywanych gammelblokami. Tam bez pożywienia i pomocy lekarskiej konali w powolnych męczarniach. Ci, którym udało się przeżyć kilka dni, podobnie jak niezdolni do pracy Żydzi, byli zabierani do komór gazowych.

Zwłoki początkowo grzebano w masowych mogiłach z czasem palono je w krematorium lub na stosach spaleniskowych. Prochy były mieszane z ziemią i odpadami i wykorzystywane jako nawóz. Po likwidacji obozu znaleziono na jego terenie 1300 m³ kompostu zawierającego ludzkie szczątki.