Naczelną władzę w KL Lublin sprawował komendant. Odpowiadał on za całokształt spraw związanych z funkcjonowaniem obozu, koordynację działań jego wszystkich struktur organizacyjnych oraz bezpieczeństwo i izolację.

Komendanci Majdanka:

– SS-Standartenführer Karl Otto Koch – od września 1941 r.

– SS-Obersturmbannführer Max Koegel – sierpień 1942 r. – wrzesień 1942 r.

– SS-Sturmbannführer Herman Florstedt – listopad 1942 r. – październik 1943 r.

– SS-Obersturmbannführer Martin Weiss – listopad 1943 r. – maj 1944 r.

– SS-Obersturmbannführer Arthur Liebehenschel – maj 1944 r. – 22 lipca 1944 r.

Komendantowi podlegało sześć oddziałów: komendantura, oddział polityczny, więźniarski, administracyjny, sanitarny i propagandowo-oświatowy.

Za funkcjonowanie pola kobiet odpowiadało 28 niemieckich i austriackich nadzorczyń, które formalnie nie należały do SS. Najwyższą władzę sprawowała Oberaufseherin Else Ehrich, pełniąca funkcję kierownika obozu więźniarskiego i kierownika pola. Podlegała bezpośrednio komendantowi oraz częściowo Oddziałowi Politycznemu.

Największą liczebnie częścią załogi SS były oddziały wartownicze. Składały się głównie z niemieckich esesmanów, volksdeutschów, przeważnie z Rumunii i byłej Jugosławii, a także Białorusinów, Ukraińców i Rosjan rekrutujących się spośród byłych jeńców radzieckich szkolonych w obozie SS w Trawnikach.

W skład służby wartowniczej wchodził także litewski batalion policyjny.