Naczelną władzę sprawował komendant. Odpowiadał on za całokształt spraw związanych z funkcjonowaniem obozu, koordynację działań jego wszystkich struktur organizacyjnych oraz jego izolację i bezpieczeństwo.
Obozem koncentracyjnym na Majdanku kierowali kolejno:
– Karl Otto Koch: styczeń–sierpień 1942 r.,
– Max Koegel: sierpień 1942 – styczeń 1943 r.,
– Hermann Florstedt: styczeń–październik 1943 r.,
– Martin Weiß: listopad 1943 – maj 1944 r.,
– Arthur Liebehenschel: maj–lipiec 1944 r.
Zarządzanie obozem należało do kompetencji członków tzw. sztabu komendantury. Pod koniec 1943 r. było to 270 funkcjonariuszy rozdzielonych między sześć wydziałów: komendanturę – I, wydział polityczny – II, obóz więźniarski – III, administrację – IV, lekarza obozowego – V oraz wydział do spraw szkolenia ideologicznego – VI.
Za funkcjonowanie obozu kobiecego odpowiadało 28 nadzorczyń, które formalnie nie należały do SS, a były jedynie służbą pomocniczą tej formacji. Zawiadywała nimi Elsa Ehrich, której obowiązki pokrywały się z zadaniami szefa obozu więźniarskiego i kierownika pola. Podlegała bezpośrednio komendantowi oraz częściowo wydziałowi politycznemu.
Największą liczebnie część załogi KL Lublin stanowiły oddziały wartownicze. Ich rdzeń tworzył składający się z kilku kompanii batalion wartowniczy (SS-Totenkopf-Sturmbann). Dominowali w nim volksdeutsche – etniczni Niemcy, którzy przed wojną nie byli obywatelami III Rzeszy. Pochodzili najczęściej z Rumunii oraz krajów Jugosławii. Strażników z SS wspierało kilkuset policjantów litewskich oraz wachmani z obozu szkoleniowego SS w Trawnikach.
Dokładna liczba członków załogi obozowej nie jest znana. Wahała się jednak od kilkuset do tysiąca i więcej funkcjonariuszy. Pod koniec 1943 r. było ich łącznie 1258, w tym 261 w sztabie komendantury, 881 w oddziałach wartowniczych, 97 wartowników litewskich i 19 nadzorczyń. Całkowita liczba esesmanów, którzy służyli w obozie na Majdanku, to ponad 2 tys. osób.
